當時有些法利賽人還同情雅各，派人去向偤大國王Agrippa陳情，希望他能約束Ananus，不要如此作為，因為這是不合理的事。約瑟夫說，偤太公會仍以觸犯律法的罪名定罪雅各，然後用石頭將他處決；雖然耶路撒冷的市民大多不贊同這件事，認為這是政治謀殺。後來，Albinus上任後，就撤除了Ananus的大祭司職位。由於約瑟夫告訴我們，雅各的殉難是發生在耶路撒冷兩位羅馬總督之間的交接期間：所以我們可以確定雅各的殉道，是在主後62年。
文本說當很多偤太人將耶穌視為彌賽亞而發生騷動時，文士和法利賽人的領袖們就去找雅各，希望雅各去勸說所有來過逾越節的人民，避免他們將耶穌視為是彌賽亞而引起社會混亂。文本又說，他們要雅各站在聖殿的尖頂上，好讓來過節的所有人都能聽到他說的話。
於是他們上去把雅各扔下去，彼此說：「讓我們用石頭打死義人雅各吧。」 他們就開始用石頭打他。最後，一名惡棍拿出一根棍棒砸向了雅各的致病頭部；在死之前，雅各祈禱著說：「主我們的父神啊，求你赦免他們，因為他們所做的，他們不曉得！」就這樣雅各殉道了，而人們就就地將他埋葬在寺廟旁。這是Hegesippus文本所描述公義者雅各，在主後62年的逾越節前殉道的事蹟。
在耶柔米的《關於尊貴的人》(De Viris Illustribus) 書中，也對雅各這樣描述：在使徒之後，主的兄弟雅各被任命為耶路撒冷教會的領袖。又說他從母親的子宮裡就是聖潔的，既不喝烈酒，不吃肉，也不刮鬍子，不塗藥膏或洗澡。只有他有特權進入至聖所，他確實沒有穿羊毛法衣，而是穿亞麻布衣，獨自走進聖殿，為人民祈禱，以至於他的膝蓋據說已如同駱駝的硬度。
Hegesippus的文本又說，在法利賽人謀殺雅各之後，維斯帕先(Vespasian)立即入侵以色列並圍攻耶路撒冷。他說，這些事件在時間上是如此密切相關，以至於明智的偤太人認為雅各之死，是耶路撒冷被圍困的原因。不過，耶路撒冷的圍困發生在主後66年，而約瑟夫說雅各的死發生在耶路撒冷兩位羅馬總督之間的交接期間，那是主後62年，相差四年。也許Hegesippus的文本是要告訴我們，偤太當局非法謀殺雅各的行為，的確冒犯了眾多的偤太人，也引起耶路撒冷巨大的擾動，爾後累積出偤太人在主後66年的叛變。
我們讀雅各與使徒們宣教的事蹟，發現早期宣教的模式大概有二種：一是使徒們(特別是保羅) 的向「普世」開放，另一是雅各的對「本土」認同。這兩者皆有優、缺點，以「本土」認同來說，它可凝聚內部認同強度，但也成為排外的藩離作用，這樣的教會有其純度(族群、信念或意識型態)，但也很難向外擴展。另外，以向「普世」開放來說，在向外發展的同時，也有可能與外來文化相融(資本主義、世俗化)，而淡化或模糊了其核心信念。
其實，保有「本土」認同及向「普世」開放兩者，對今日的教會仍然重要；如前南神院長黃彰輝牧師所尋找其身為台灣人和身為基督徒的意義一樣。他說：「前者關係到我出生、長大以及決定整個存在。後者進入我的生命像是新的，既安慰又挑戰我，在我的存在中找尋一種新及可靠的因素，它將打破似乎被監禁的命運。」
這種融合「台灣意識」而委身於斯土斯人的精神，與「耶穌是主」融合在普世同信的團契中，不正是今日作為台灣人的基督徒，台灣人的教會的挑戰嗎！盼望在我們有限的生命中，好好珍惜作為一個「台灣人」的本土認同；也樂意、開放作個能與普世教會共融的「基督徒」！