基督新教的教會組織型態，在十六世紀的宗教改革後大致可區分以下3種類型：一是主教制，二是與之抗衡的會眾制，及三是為了平衡主教制及會眾制而有的長老制。宗教改革後的新教，除了形成路德派教會外，尚有其他教會派別產生，其中加爾文派（Calvinism）、重洗派（Anabaptists）及英國國家教會最具代表性。英國國教可說是「主教制」的代表，重洗派的教會代表著「會眾制」，而加爾文派教會所代表的「長老制」，正是介於「主教制」與「會眾制」之間的教會體制。
英國早期的宗教改革說來並沒有太多的宗教意涵，只因教皇沒有批准英國國王亨利八世的離婚再娶，而被激化的國王權威與英國民族意識所帶動。當時，英國人雖是忠誠的天主教徒，但對羅馬教皇的管轄及教會苛刻的稅務愈來愈感不滿。最終，亨利八世決定脫離羅馬教皇管轄，促使國會於1534年通過＜最高治權法案＞，宣稱英國國王才是「英國教會唯一最高元首」，從而英國國王取代教皇地位，管轄英國教會。
新教的「主教制」教會，雖擺脫天主教以彼得為教會代表的「教皇制」，但「教皇制」強調的「使徒傳承」及教會一體的「大公教會」精神仍保留下來；只不過前以「教皇」為中心的教會，現在由「主教」承接下來，主教仍是教會的中心，也依此形成階層的教牧制度。在此，教會是主教的教會，主教依「使徒傳承」及教會一體的「大公教會」精神，掌管一切教會事務。這樣的教會，較適合封建時代所仰賴的精英階級統治。
「會眾制」的教會剛好反其道而行，它建立在3個原則概念，一是教會的管理與行政權柄歸屬於「會眾」，而非「主教」，因此「使徒傳承」並非那麼絕對；再者所有的堂會都是各自獨立，沒有所謂「大公教會」隸屬問題；最後會眾制的教牧人員與信眾的地位一律平等，沒有隸屬的階級問題，真正落實「信徒皆祭司」的教會理想。這樣的教會，較適合現代社會所呈現的信眾集體知識能力，及人人平等的理想思惟。
如果說教會是主耶穌的身體，建立在「上帝的話」與「聖靈運行」的話，那麼我們也可概論「主教制」的教會較重視「教會秩序」，以「上帝的話」來安置；而「會眾制」的教會看「聖靈運行」的「信仰自由」為重；其實兩者剛好呈現支撐教會兩個支柱的重要性：一是代表「教會秩序」的「上帝的話」，另一是代表「信仰自由」的「聖靈運行」。不過，兩者也同時呈現它自身的問題，「主教制」的教會因重視「教會秩序」而僵化於形式，失落活力；而「會眾制」的教會因看重「信仰自由」的「聖靈運行」，過度時也會陷教會於「無政府狀態」。
至於「長老制」的教會，剛好平衡了「主教制」與「會眾制」的問題，由此它建立了3個原則概念：一是「會眾制」的原則，即教會的權柄屬於教會的信眾們。由於信眾們無法一一行使權利(陷於無政府狀態) ，所以採「議會」方式來選出他/她們的代表，稱「治理長老」，來行使會眾的權利。
最後一個原則是以「上帝的話」為事奉的「教導長老」(即牧職)，是教會體制中一個永久性的職份。雖然「長老制」的教會拒絕「使徒傳承」的延續，但仍永久性保有傳講上帝話語職份的人員，稱「教導長老」。而且，所有的長老一律平等，沒有主教制的隸屬問題；同時，也因這些「長老們」是實際地治理地方堂會(稱小會) ，也避免教會因會眾們大家爭取治理權力而陷入「無政府狀態」。
反之，若教會制度較傾向「會眾制」的話，「治理長老們」的權力不就更大擴充嗎？何況，在堂會中「治理長老」的人數總是大於「教導長老」。過往，我曾在總會的一個委員會提出「治理長老」就職前，應在總會屬下的神學院或聖經學院接受基本的神學學分培育，如新、舊約導論、長老教會信仰與體制、基督教會史及台灣教會史等等，後來可能是基於內部現實而不了了之。
相信台灣長老教會的「治理長老」們，大多數人都樂於進修，接受有益於教會信仰成長的神學培育。唯有如此，「教導長老」與「治理長老」才能更加同心合一，共同以「上帝的話」來牧養、管理上帝的教會。不然，若大家只是各自汲汲於權力分爭或分贓的話，那麼「長老制」的教會，只會更加陷入「治理長老」與「教導長老」權力矛盾的爭鬥中！
當然，作為基督的教會，不管是何型態，都該記得教會的核心不是宗派、不是人物、不是建物，而是受釘在十架上的耶穌基督，跟隨衪才是教會真正的信仰核心價值。
