「惡＝美善的缺乏」是對惡的「本體論描述」（ontology），而「自由意志」則是惡如何「進入世界」的「機制」（agency）。換句話說：惡的本質不是自由意志，但惡之所以出現，是因為自由意志使「缺乏善」成為可能。
下面以神學教授的方式分三層論證，讓兩者的關係更清楚。
一、惡的本質（本體論）：惡不是被造的「存在」
奧古斯丁、托馬斯·阿奎那、改教者皆同意：惡 = 善本應有的秩序被破壞後所呈現的缺失（privation），不是上帝造的「實體」。比如：盲不是「被造的」，是「缺乏視力」。腐敗不是「另一種存在」，是「原本好的事物失序」。黑暗不是物質，是「沒有光」。這是惡的「本質」。
二、自由意志的角色（因果論）：惡如何出現？
本體論回答「惡是什麼」。自由意志回答「惡如何發生」。如果受造物沒有自由：無法選擇上帝，無法愛，無法順服，無法也無責任「偏離」。因此：自由意志提供了“可能離開善”的能力，而這種「離開」使得惡（缺乏善）得以呈現。
用比喻：惡是一個洞，自由意志是一把鏟子，洞不是鏟子造出來的「東西」，洞是鏟子「挖走」本來在那裡的好土後留下的缺乏，洞不是實體，但鏟子（自由）使洞成為可能。
三、當兩者結合時：為什麼惡需要自由？
用神學術語可以這樣說：本體論上：惡只是「缺乏善」（不是被造物），形上學上：受造物原本只有善，不包含惡，倫理上：自由意志使受造物可以離開善，歷史上：天使與人類實際用自由選擇離開善，結果：惡在受造界被「實現」而不是被「創造」。
因此：自由意志不是惡的本質，但惡的出現必須透過自由意志。
用奧古斯丁的經典語句（最精準的回答）
“The privation of good has no efficient cause,but only a deficient cause.”—《上帝之城》11.9
什麼意思？惡沒有「積極的創造者」（efficient cause），惡只有「消極的來源」——自由意志選擇「不愛上帝」（deficient cause）這也是問題的核心：惡不是一種存在，但自由意志使對善的缺乏成為可能。
四、總結
惡不是上帝造的實體，而是善被否定後的缺乏。 自由意志不是惡，但自由意志使「離開善」成為可能。 當自由離開善，善被剝奪後所產生的空缺，就是惡。
因此：惡的“本質”不是自由意志，但惡的“進入”與自由意志密不可分。